サービス概要
miRNAとは
MicroRNA（miRNA）とは、近年注目を集めている低分子 non-coding RNAの一種で、動物、植物、ウィルスなどでひろく報告されています。 miRNAは、ヒト遺伝子の1/3以上の発現を調節していると考えられており、遺伝子調節や薬剤標的の発見、 癌などの重篤な疾病の予防・診断など多くの分野での応用が期待されています。
マイクロアレイでどんなことが分かるのか？
Agilent Technologies社のAgilent miRNAマイクロアレイは、miRNAの解析用のアレイです。
搭載されたプローブは、60mer前後のオリゴヌクレオチドプローブで、 成熟型（完成型）のmiRNAのみを検出することが可能です。
miRNAプローブは SANGER miRBase の登録情報を基に設計されております。
使用しているデータベースmiRBaseのバージョンアップに伴い、搭載されているmiRNAの情報もアップグレードしています。
例えば、Human miRNA Microarray Rel 18.0は、Sanger データベースv.18.0 に基づく 1919種類のヒトマイクロ RNA（miRNA）の プローブが搭載されております。
さらに、カスタムにて最新のデータベースの情報をもとにアレイを作製することも可能です。
Agilent miRNAマイクロアレイでは、total RNA 100 ngが必要であり、miRNAまたはsmall RNAへ濃縮精製する必要はありません。
miRNAを含むtotal RNAはCalf Intestine Alkaline Phosphatase (CIP) によって脱リン酸化反応を行います。
続いて、T4 RNA Ligaseを用いて RNA分子の3’末端側に1分子のCyanine 3-Cytidine Bisphosphate (pCp-Cy3) を標識します。
カラムによって精製を行った後、標識miRNAをAgilent miRNA microarrayに ハイブリダイズし分析を行います。
プローブのデザインは、Linker配列、標的のmiRNAに相補的な配列、ヘアピンキャップ構造の配列の3つから成ります。
ヘアピンキャップ構造によりmiRNAの長さを選択することができ、前駆体であるPre-miRNA、Pri-miRNA は結合することができず、 成熟型（完成型）のmiRNA のみがプローブに安定してハイブリダイゼーションできます。
図中の黒い部分は、合成された配列である未修飾のマイクロアレイプローブ（黒）で、この部分が、ターゲットとなるmiRNA（赤）と ハイブリダイゼーションにより結合します。
プローブはスティルト（オリゴヌクレオチドで構成された足）（茶）によりガラススライド表面に固定されています。
A：hybridization sequenceの5’末端にあるG残基（黒）は、miRNAの3’末端にラベリングにより導入されたC残基（緑）と 相補的に結合します。このG-C対がプローブとターゲットの反応領域に加わることで、ターゲットとなるmiRNAが、他の相同なRNAよりもプローブに安定して結合します。
また、すべてのプローブには、プローブとターゲットの反応領域に隣接して5’末端ヘアピン（青）が付加されており、miRNAのサイズに対する特異性を高めています。
B：安定性が高すぎるため最適化が必要なプローブでは、miRNAの5’末端から塩基配列を除去することで、プローブとターゲットの安定性を調節しています。
データ解析について
マイクロアレイ発現解析と同様に、各 miRNA のシグナル強度（数値）をご報告します。
さらに、差のある miRNA については、TargetScan を用いて 各miRNAが制御する可能性のあるターゲット候補の遺伝子リストをご報告します。
TargetScan 等で知ることのできるmiRNAのターゲット候補は、1miRNAあたり514～1519 遺伝子にもおよびます。ターゲット候補遺伝子のリストについては、DAVID等に用いることで機能解析をすることが可能です。
また、miRNA アレイ解析によって有意に変動があった miRNA 群の全体のターゲット候補は、20,000遺伝子にもおよぶことがあります。このような膨大な候補が挙がった場合には、同じRNAサンプルを用いて、別途発現解析のデータを取得して発現変動遺伝子との共通遺伝子を絞り込むことも可能です。
サンプル調製方法
サンプル調製時の注意点
miRNAまたは small RNA への濃縮は必要ありません。
以下のいずれかの方法で、miRNAを含む total RNA を調製されることを推奨いたします。ご不明点はお問い合わせください。
（1）Invitrogen, TRIZOL Reagent (15596-026)
（2）Qiagen, miRNeasy Mini Kit (217004)
（3）Ambion, mirVanaTM miRNA Isolation Kit(AM1560)
詳細は、サンプル調製前にお問い合わせください。
A260 / A280の値は、1.8～2.0である必要があります。
送付いただいたサンプルの返却を希望される場合には、お知らせください。
RNAの抽出･精製にも対応しております。
血清、血漿からのRNA抽出およびアレイ解析にも対応しております。
注意事項
製品、および仕様は改良のため予告なく変更する場合があります。
本解析サービスは、各マイクロアレイプラットフォームの推奨する方法でアレイ解析を行い、結果をご提供するものです。解析結果がお客様の期待する結果と異なった場合でも、弊社では責任を負いかねます。